به گزارش روابط‌عمومی شورای‌نگهبان، دکتر کدخدایی سخنگوی شورای‌نگهبان، در نشست روز شنبه 15/2/86 با خبرنگاران از بررسی لوایح "پروتکل اصلاحات و تغییرات در موافقتنامه همکاریهای اقتصادی و بازرگانی بلند مدت مورخ 14 مهرماه 1378 هجری شمسی برابر با 6 اکتبر 1999 میلادی بین دولت جمهوری اسلامی ایران و دولت جمهوری قزاقستان"، "موافقتنامه همکاریهای فرهنگی بین دولت جمهوری اسلامی ایران و دولت جمهوری دموکراتیک مردمی الجزایر"، "موافقتنامه حمل و نقل بین‌المللی جاده‌ای کالا و مسافر بین دولت جمهوری اسلامی ایران و دولت جمهوری لیتوانی"، "موافقتنامه معاضدت حقوقی متقابل در امور کیفری بین دولت جمهوری اسلامی ایران و دولت جمهوری آفریقای جنوبی" و "موافقتنامه معاضدت قضایی متقابل در امور کیفری بین دولت جمهوری اسلامی ایران و دولت ترکمنستان" در جلسه پنجم اردیبهشت ماه شورای‌نگهبان و تشخیص عدم مغایرت آنها با موازین شرع و قانون‌اساسی خبر داد:
سخنگوی شورای‌نگهبان در پاسخ به سؤالی مبنی بر این که قبلاً شورای‌نگهبان موافقتنامه‌های حقوقی و قضایی را دارای ایراد می‌دانست پاسخ داد.
این دو لایحه به دلیل وجود قیدی که دولتها را از اجرای موافقتنامه در صورت مغایرت با حقوق اساسی و بنیادین و نظم عمومی آنها وجود داشته باشد معاف می‌کند مورد تأیید شورای‌نگهبان واقع شده است، به عبارت دیگر چنانچه دو دولت طرف قرارداد در اجرای مفاد این موافقتنامه‌ها مغایرتی با نظم عمومی یا موازین کلی حقوقی یا حقوق اساسی خود مشاهده کنند به استناد این شرطی که ذکر شده است می‌توانند اجرای آن را متوقف کنند. اما در موافقتنامه‌هایی که از سوی شورای‌نگهبان دارای ایراد دانسته می‌شد چنین قیدی وجود نداشت و دولتهای طرف قرارداد در هر حالتی مکلف به اجرای مفاد موافقتنامه بودند.
طرح رفع برخی از موانع تولید و سرمایه‌گذاری صنعتی مصوبه دیگری بود که سخنگوی شورای‌نگهبان از نتایج بررسی آن در شورای‌نگهبان خبر داد. بر اساس نظر شورای‌نگهبان بندهای (الف)، (ب) و (و) ماده (1)، ماده (2) و تبصره (1) آن، ماده (4)، ماده (6)، ماده (7)، تبصره (4) ماده (10) و بند (ج) ماده (13) چون دارای بار مالی هستند و طریق جبران آنها نیز تعیین نشده مغایر اصل 75 قانون‌اساسی شناخته شدند.
دکتر کدخدایی افزود: در ماده 3 این مصوبه اختیاری به شورای پول و اعتبار اعطا شده است که به دلیل این که مصوبات این شورا به تأیید رئیس‌جمهور یا یکی از وزراء که در مقابل مجلس پاسخگو هستند نمی‌رسد با اصل 60 قانون‌اساسی مغایرت دارد و در ماده (7) این مصوبه نیز یک ایراد شکلی وجود دارد و آن استفاده از واژه لاتین(FOB) است که استفاده از واژه‌های غیر فارسی نیز مغایر اصل 15 قانون‌اساسی است.
سخنگوی شورای‌نگهبان همچنین ماده 9 این طرح را به دلیل این که ضمانت‌های غیر بانکی مثل اخذ سفته را در رابطه با سرمایه‌گذاری‌ها و یا ترخیص کالا مجاز شمرده است و از آنجا که ممکن است این گونه روش‌ها هزینه‌های مالی برای دولت داشته باشد و در واقع تضمین کافی برای اعاده اموال دولت وجود نداشته باشد، مغایر با اصل 75 قانون‌اساسی اعلام کرد.
دکتر کدخدایی همچنین اعلام کرد فقهای شورای‌نگهبان بندهای (ح) و (ط) از قسمت (د) تبصره (4) ماده (10) این طرح را خلاف موازین شرع تشخیص دادند و ماده 14 طرح نیز که در قانون بودجه هم تکرار شده بود به دلیل این که تصمیم‌گیری نسبت به این گونه واردات قبلاً انجام شده است و در یک برنامه چند ساله از سوی دولت اعلام شده است و وضعیت کسانی که قبلاً ثبت سفارش داده‌اند در این مصوبه مشخص نیست، دارای ابهام دانسته شد و اظهارنظر شورای‌نگهبان به رفع ابهام موکول شد.
سخنگوی شورای‌نگهبان سپس با اشاره به تذکرات شورای‌نگهبان درباره این طرح افزود: در این مصوبه آمده است اجرای قانون از ابتدای سال 1386 امکان پذیر است در حالی که هنوز این مصوبه لازم الاجرا نشده است، لذا تذکر داده شد که زمان اجرا باید به زمانی بعد از تصویب منتقل شود. همچنین بند (هـ) این مصوبه تکرار شده بود و در بندهای (الف)، (ب) و (ج) ماده 12 نیز مقصود تسهیلات بانکی بوده است که به جای آن کلمه "وام" به کار رفته است.
آخرین مصوبه‌ای که دکتر کدخدایی نظر شورا درباره آن را اعلام کرد طرح اصلاح مواد (139) و (154) قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران_ مصوب 1383 بود که در دو ماده این مصوبه اصلاحیه‌ای را نسبت به مواد 139 و 154 قانون برنامه چهارم اعمال کرده است. در تبصره ماده 1 این طور اشاره شده است که هر گونه ادغام و انحلال وزارتخانه‌ها و مؤسسات و شرکت‌های دولتی و نهادها و مؤسسات عمومی غیر دولتی که به موجب قانون ایجاد شده یا می‌شود صرفاً با تصویب مجلس شورای اسلامی خواهد بود. در این تبصره مغایرتی با شرع و قانون‌اساسی تشخیص داده نشد. اما در ماده 2 اشاره شده است که در متن ماده 154 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران عبارت به استثناء قسمت اخیر جزء (8) بند (الف) و جزء (1) بند (ب) پس از عبارت مواد (1) اضافه می‌شود. توضیح اینکه در ماده 1 در جزء آخر بند (8) آمده است که مصوبات این شورا پس از تأیید رئیس جمهور لازم‌الاجرا خواهد شد. به دلیل این که رئیس جمهور و وزرا طبق قانون‌اساسی پاسخگوی مجلس شورای اسلامی هستند، لازم است که مصوبات این گونه نهادها و شوراها به تأیید و امضای رئیس جمهور یا یکی از وزراء برسد که بعد مجلس بتواند در صورت لزوم از آنها سؤال کند. این مصوبه با توجه به این که این بند را حذف کرده است مغایر با اصل 60 قانون‌اساسی و چون حذف نمایندگان مجلس شورای اسلامی را نیز داشت مغایر اصل 85 قانون‌اساسی شناخته شد.