ولی امر مسلمین با قدردانی از زحمات و تلاش‌های اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام به ویژه از مدیریت آقای هاشمی رفسنجانی رییس مجمع، خاطرنشان کردند: لازمه‌ی تحرک و پیشرفت این است که دوره‌ی جدید مجمع برتر از دوره‌ی قبل باشد، بنابراین باید در دوره‌ی جدید حتما تصحیح و تکمیل روش‌ها و کارها و ارایه‌ی ابتکارات جدید مدنظر قرار گیرد.
رهبر معظم انقلاب اسلامی، با اشاره به ویژگی‌های کشور از جمله تحرک و پویایی جامعه و حرکت جهش‌وار برای جبران عقب‌ماندگی‌ها و همچنین اصول و ارزش‌های دینی مورد اعتقاد مردم، افزودند: در چنین جامعه‌ای، نهادی مانند مجمع تشخیص مصلحت نظام که بر قوانین و مسائل کشور و چارچوب‌ها اشراف دارد، باید در مواقع لزوم، با ظرافت و دقت، مصلحت‌ها را به گونه‌ای تشخیص دهد که به اصول و ارزش‌ها خدشه وارد نشود و همچنین موانع خودساخته در مسیر حرکت پرشتاب جامعه به وجود نیاید.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، تشخیص مصلحت و فهم صحیح اهم و مهم و ترجیح اهم را وظیفه‌ای بسیار سنگین و مهم برای مجمع و نشان‌دهنده جایگاه والای این نهاد دانستند و تصریح کردند: بر همین اساس ترکیب مجمع تشخیص مصلحت نظام مجموعه‌ای از نخبگان با گرایش‌های مختلف و پایبند به نظام اسلامی و مسوولان سه قوه است که مجمع را مظهر انسجام و اتحاد این نظام قرار داده است.
رهبر معظم انقلاب اسلامی یکی از نقاط قوت نظام اسلامی را انسجام درونی آن دانستند و با تاکید بر لزوم حفظ مظهریت انسجام نظام در قول و عمل اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام افزودند: حضور افراد مجرب و کارآزموده در طول سال‌های انقلاب در کنار افراد تازه‌نفس و پایبند به مبانی، ترکیب بسیار خوب و جامعی در مجمع به وجود آورده است.
ایشان ضمن توصیه به مقدم‌بودن مصلحت‌ها بر گرایش‌ها در مجمع، فعال و به روز بودن اعضا و بازنگری برخی اولویت‌ها در سیاست‌ها با توجه به شرایط و مسایل روز خاطرنشان کردند: مجمع تشخیص مصلحت نظام باید ارتباط بیشتری با نخبگان و صاحبان فکر در دانشگاه‌ها و حوزه‌ها برقرار و از دیدگاه‌های کارشناسانه آنان در مسایل مختلف استفاده کند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای همچنین افزودند: یکی از نکات مهمی که باید مورد توجه مجمع تشخیص مصلحت نظام قرار گیرد، تدوین مستندات نتیجه‌گیری‌ها و سیاست‌های تصویبی است تا در آینده به عنوان مرجع حقوقی از آنها استفاده شود.
رهبر معظم انقلاب اسلامی با تاکید بر لزوم توجه جدی دستگاه‌ها به سیاست‌ها به عنوان مبنا و پایه برای برنامه‌ریزی‌ها، خاطرنشان کردند: کشور در شرایط بسیار خوب و در مسیر تحرکی فوق‌العاده در زمینه‌های مختلف علمی، اجتماعی و فرهنگی قرار دارد و نشانه‌های تاثیر حرکت ملت ایران در جهان نیز مشهود است؛ بنابراین در چنین شرایطی همه دستگاه‌ها باید با توکل بر خدا، تلاش و حرکت خود را مضاعف کنند.