طرح تدوین و تنقیح قوانین و مقررات کشور مصوب جلسه مورخ دهم اسفندماه یکهزاروسیصدوهشتادوهشت مجلس شورای اسلامی درجلسه مورخ 19/12/1388 شورای نگهبان مورد بحث وبررسی قرار گرفت که نظر شورا به شرح زیر اعلام می گردد:
1_ در تبصره ماده (1) عبارت «اعمال وظایف این معاونت نافی اختیارات نمایندگان مجلس شورای اسلامی نمی‌باشد»، از این جهت که مشخص نیست مقصود چه اختیاراتی است و نیز آیا منظور اختیارات تک‌تک نمایندگان است یا مجلس؟ ابهام دارد، پس از رفع ابهام اظهار نظر خواهد شد.
2_ عموم ماده (2) از این جهت که شامل دستگاههائی می‌شود که مجلس بر امور آنها نظارت ندارد نظیر مجلس خبرگان، شورای عالی انقلاب فرهنگی، مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای نگهبان، هیأتهای عمومی دیوان عالی کشور، دیوان عدالت اداری و نیز سایر دستگاههائی که مطایق قانون اساسی و قوانین دیگر حق وضع مقررات دارند، مغایر اصول 57، 108، 109، 110، 112 و 138 قانون اساسی شناخته شد.
3_ عبارت «جهت رفع تعارض» در جزء (2-1) ماده (3) عبارت از این جهت که مشخص نیست مراجع تصویب کننده الزام به رفع آن دارند یا خیر؟ ابهام دارد، پس از رفع ابهام اظهار نظر خواهد شد.
4_ الزام دستگاه تصویب کننده به لغو مقررات مذکور در جزء (3-1) ماده (3)، مغایر اصل 57 قانون اساسی شناخته شد.
5_ اطلاق عبارت «تعیین موارد نسخ صریح و اعمال آنها در...» توسط معاونت مزبور و لازم الاتباع بودن این امر برای مجریان و قضات، مذکور در جزء (5-1) ماده (3)، مغایر اصول 58، 73، 85، 138 و 167 قانون اساسی شناخته شد.
6_ در جزء (6-1) ماده (3)، «اعلام مغایرت قوانین و مقررات با سیاستهای کلی نظام ... به مجمع تشخیص مصلحت نظام»، مغایر اصول 110 و 112 قانون اساسی شناخته شد.
7_ تبصره ذیل جزء (7-1) ماده (3) همان اشکال ماده (2) را دارد و مغایر اصول 57، 108، 110 و 156 قانون اساسی شناخته شد.
8_ در بند (3) ماده (3) «شیوه نگارش طرحها و لوایح ... و تعریف لغات تخصصی » ... «جهت طی مراحل قانونی»، که شامل تغییر در مراد مقنن نیز می‌شود، مغایر اصول 58، 65 و 74 قانون اساسی شناخته شد.
9_ اطلاق ویراستاری در بند (5) ماده (3) که شامل تقنین نیز می‌شود، مغایر اصل 85 قانون اساسی شناخته شد.
10_ آموزش عمومی در بند (6) ماده (3)، مغایر اصول 57، 58 و 60 قانون اساسی شناخته شد.
11_ اطلاق اصلاح فصول و مواد قوانین در بند (7) ماده (3) که شامل تقنین نیز می‌شود، مغایر اصل 85 قانون اساسی شناخته شد.
12_ ماده (4) مغایر اصول 74 و 102 قانون اساسی شناخته شد.
13_ تبصره‌های (1) و (2) ماده (4) مغایر اصول 65 و 74 قانون اساسی شناخته شد.
14_ در ماده (8) «انجام هماهنگی‌های لازم بین قوای سه‌گانه توسط شورای عالی تنقیح قوانین»، مغایر اصول متعدد از جمله اصل 57 قانون اساسی شناخته شد.
15_ ماده (11) مغایر اصل 85 قانون اساسی شناخته شد.