لایحه موافقتنامه انتقال محکومان به حبس بین جمهوری اسلامی ایران و جمهوری اسلامی افغانستان مصوب جلسه مورخ پانزدهم دی‌ماه یکهزاروسیصدوهشتادوهشت مجلس شورای اسلامی در جلسه مورخ 07/11/1388 شورای نگهبان مورد بحث وبررسی قرار گرفت که نظر شورا به شرح زیر اعلام می گردد:
همانگونه که در موافقتنامه‌های مشابه دیگر اظهار نظر شده است این لایحه از این جهت که اطلاق بسیاری از مواد آن از جمله جزء (4) ماده (1)، جزءهای (5) و (6) بند (ب) و بند (د) ماده (12) و ماده (13) اعمال مقررات غیر منطبق با موازین شرعی دولت طرف متعاهد را لازم الاجرا دانسته و نیز مواد متعددی مستلزم تأیید صحت قوانین و صحت آیین دادرسی قوة قضائیه کشور افغانستان و نیز ارجاع کارهای قضائی به دادگاههای کشور طرف متعاهد می‌باشد که خود موجب اثر دادن بر احکامی است که در آن دادگاهها ولو بر خلاف ضوابط اسلامی صادر می‌گردد، خلاف موازین شرع شناخته شد.